任何治疗手段都有副作用，药物祛痘也不例外，因而求美者应该在医生指导下选择适合自己的药物，药物祛痘可能出现的不良反应为：
1、维生素A和维生素E是治疗青春痘的常用药，长期使用维生素A后容易产生慢性中毒,表现为厌食、口唇皲裂、毛发干枯和脱皮等。维生素E副作用虽小,大量口服也可引起轻度恶心,长期应用还会导致月经紊乱。
2、含有雌激素的祛痘药物能使体内雌激素水平明显升高，女性长期服用此类药,可导致子宫内膜过度增生而引起出血。
3、过量使用肾上腺皮质激素类药物,如强的松、地塞米松等,会出现医源性肾上腺皮质功能紊乱,使肌肤产生继发性损害,表现为多毛、容易感染等,长期使用还有发生肌肤老化的可能。
4、除了青春痘合并感染,一般不宜长期使用四环素，长期使用四环素容易产生菌群交替症和其它不良反应。