果酸嫩肤属于化学剥脱技术的一种，相对于光子、激光、E光来说，果酸嫩肤的副作用较大，有如下几点：
① 色素沉着：化学剥脱术后常见的并发症，多由脱痂处过多晒太阳引起。所以要避免晒太阳，外用防晒霜，口服维生素C与维生素E。
② 色素减退：可能会是永久性的，相对于不化妆的男性来说，色素减退显得更加严重。
③ 持久性红斑：浅层换肤后的红斑多数在几天内消退。持续存在的红斑可遵医嘱使用中效的皮质类固醇激素软膏，每天使用直至好转。
④ 粟丘疹：部分患者由于剥脱术后毛囊孔闭塞、受堵，皮脂分泌不畅所致。应立即到医院治疗。
⑤ 瘢痕：是中层和深层换肤常见的并发症。如果受术者在治疗前半年曾经服用异维A酸，在换肤后愈合时可能会有发生肉芽组织增生的风险，不能马上进行换肤，需要等这段窗口期过后才可。
⑥ 感染：不常见，如果发生感染，多数是浅表的细菌感染或者是单纯疱疹复发。细菌感染一般是因为术后的护理不当，如果在医生正确的指导下，仔细护理受术部位一般都是可以避免的。一旦发生细菌感染，应立即就医。
⑦ 眼睛损伤：治疗时可能发生眼睛的损伤，有报道三氯醋酸引起角膜上皮损伤结膜炎。